《有秘密的她》以一个女孩的离奇殒命事件为线索，把情节载入疑云丛生的旋涡。少女元蔷薇（丁燃 饰）在调查姐姐死因的过程中，通过一封神秘邮件锁定冷峻富商安雪虎（丁泽仁 饰）；她穿透层层阻力终于成功靠近目标人物，却发现真相远比想象更复杂。冷酷总裁的安雪虎虽然极度自律自持，但面对元蔷薇却总会不由自主乱了方寸，是心虚还是动情，一时之间竟然难以分辨。“一个人要隐藏多少秘密，才能巧妙地度过一生？”凶手、爱人、告密者、野心家……所有人都在既定标签下隐藏着各自的秘密。
陆远征（李仓卯 饰）是陆氏财团的创始人，他一生最大的心结就是挚爱的妻子早年因意外离世，于是他投资给科学家老刘（程镇 饰）研发最新的元宇宙虚拟世界，希望在元宇宙中重新回到1995年，再次与妻子于娇（沐岚 饰）一起生活，以此弥补自己心中的创伤。
不想听从父亲安排的大小姐宁钰离家出走，她本想和男友孟方舟一起创办梦想中的“深夜食堂”，却因为资金不足惨遭孟方舟抛弃。正当她以为餐厅要办不下去的时候，自称是从民国穿越而来的少年陆思阳出现在餐厅门口。陆思阳一面想办法触发师父留给自己的传承一面在宁钰的帮助下适应现代的生活，他靠自己高超的厨艺将餐厅办得如火如荼，又因为和宁钰理念不合选择加入孟方舟的餐厅，在这期间陆思阳发现孟方舟和自己同门大师兄长得一模一样，甚至连他的现女友于淼淼也和当初差点害自己没命的饭店大小姐相似，与此同时自己梦里经常出现和宁钰面容相似的旗袍女人，陆思阳被人谋杀的记忆在他脑海里苏醒，他的内心越发摇摆。而陆思阳在寻找自己死亡和穿越的真相的过程中渐渐对宁钰产生了别样的情愫。
